Музейные коллекции бывают тематические, объединяя разнотипные объекты, относящиеся к определенной теме, например, собрание предметов по истории крестьянского быта, а бывают систематические - состоящие из однотипных материалов, сгруппированных по определенному признаку или признакам. К последним относятся предметы нумизматики, фалеристики, филателии, филокартии. Внутри систематических коллекций могут выделяться еще более «специализированные» комплексы предметов, например, почтовые открытки, выпущенные определенным издательством по определенной теме. Такие узко направленные собрания можно условно именовать «моноколлекциями».

В фондах музея истории города Ярославля интереснейшие моноколлекции можно выделить среди открыток: почтовых и сувенирных, русских и зарубежных, созданных в XIX, XX и XXI вв. Одна из приоритетных тем их комплектования – виды Ярославля, старинные и современные. Чаще всего видовые почтовые карточки являются фотооткрытками, но встречаются среди них и художественные. Большой интерес представляют и сувенирные наборы открыток с достопримечательностями города.

Другое направление коллекционирования – открытки к праздникам: государственным, религиозным, личным. Сотрудникам музея удалось собрать множество замечательных дореволюционных почтовых карточек, посвященных Рождеству и Пасхе. Коллекцию дополняют яркие и многим знакомые с детства советские праздничные открытки – к Новому году, к 8 марта, к дню рождения.

Музейная коллекция нумизматики включает в себя собрание бумажных и металлических денежных знаков России – дореволюционных, советской и постсоветской эпохи - и разных государств мира, как существующих сейчас, так и уже сошедших с исторической арены. Комплектование ее нередко происходит за счет дарений частных коллекций. Так, в 1999 г. в фонды поступило собрание редких немецкий монет, датируемых XVIII – ХХ в, созданное ярославцем В. Ф. Щенниковым (1926-1993), участником Великой Отечественной войны, Заслуженным работником сельского хозяйства РСФСР, бывшим председателем областного производственного объединения «Ярославльсельхозхимия». Его тоже можно отнести к наиболее интересным моноколлекциям в фондах музея.

Личную коллекцию русских и иностранных монет передал в музей и ярославский фотограф Расим Фарвазитдинов. В ее составе российские дореволюционные денежные знаки XIX – начала ХХ вв., юбилейные рубли 1970-1980-х гг., бумажные деньги советского и постсоветского времени, а также монеты и банкноты разных государств мира: Австрии, Германии, Польши, Латвии, Венгрии, Болгарии, Монголии, Румынии, Китая, Таиланда, Аргентины, Чили, Кубы, США, Франции, Великобритании и других.

Значительным по объему и очень разнообразным по тематике является музейное собрание фалеристики, которое включает значки, юбилейные и памятные медали, государственные награды. Особое место в нем занимает семейная коллекция, преданная в музей в 2005 г. ярославцем С. В. Барабашом, сыном В. М. Барабаша, первого секретаря Ярославского городского комитета КПСС в 1964-1974 гг. Коллекция насчитывает более тысячи значков – памятных, юбилейных, наградных. Большая часть их была создана в середине-второй половине ХХ в. в Ярославле и области и отражает различные направления и сферы общественной, политической, экономической и культурной жизни края.

Очень много значков несет на себе символику высших и средних учебных заведений Ярославля: университета, политехнического института (технического университета), педагогического института (университета), театрального училища, сельскохозяйственной академии, высшего военно-финансого училища, высшего ракетно-зенитного училища (института), химико-механического техникума, автомеханического техникума, строительного техникума, медицинского училищ, средних школ № 33, № 64, № 49 и многих других. Часто значки создавались к очередному юбилею того или иного учебного заведения или факультета, к различным проводимым там мероприятиям, например, к XXII комсомольской конференции ЯПИ или к первому слёту отличников ЯГПИ.

Промышленность Ярославля представлена значками различных предприятий: радиозавода, шинного, моторного, электровозоремонтного, нефтеперегонного заводов, торфопредприятия, водоканала, хлопкопрядильной фабрики, ТЭЦ, заводов «Дизельаппаратура», «Красный перекоп», «Машприбор», «Победа рабочих» и других. Ряд памятных знаков выпущен к юбилею медицинских и научных учреждений: «200 лет ярославской областной психиатрической больнице», «Санаторий - профилакторий "Строитель"», «Аптечное управление Яроблисполкома».

Многие учреждения культуры, а также различные клубы и творческие коллективы также выпускали юбилейные и памятные знаки, которые нашли свое место в коллекции, например, значки городского клуба туристов, русского народного оркестра ДК «Радий», спортивных клубов «Шинник», «Ярославец», «Волжанин», театра им. Ф. Волкова, ТЮЗа, музея-заповедника его филиалов, академического хора ДК ЯМЗ, дворца культуры ЯМЗ и многих других.

Интерес представляют значки Ярославского бюро путешествий и экскурсий, которые посвящены тем или иным туристическим маршрутам: «Дорогами боевой славы», «По пушкинским местам Верхневолжья», «В стране берёзового ситца», «По Белоруссии и Прибалтике. Турпоезд». Некоторые значки несут информацию о различных культурных и спортивных мероприятиях, проводившихся в Ярославле: «Авторалли "Золотое кольцо"», «Всесоюзный турнир "Золотая шайба"», «Всесоюзные соревнования школьников», «Всесоюзные соревнования на приз В.Терешковой», «Чемпионат ВС СССР по волейболу», «Велогонка "Юность"».

Также в коллекции множество значков посвящено самому Ярославлю. Это сувенирные знаки с изображением герба города и его достопримечательностей, известных памятников архитектуры. Множество таких значков было выпущено к юбилеям города – 950-летию в 1960 г. и 975-летию в 1985 г. В целом данная коллекция представляет большой интерес с краеведческой точки зрения и является ядром музейного фонда фалеристики, постоянно дополняясь новыми экспонатами.