Коллекции оружия и изделий из драгоценных металлов и камней принято считать в музейном мире «особыми», поскольку они требуют особого учета и зачастую включают в себя наиболее ценные и редкие экспонаты. Музей истории города Ярославля здесь не является исключением.

С коллекции изделий из драгоценных металлов и драгоценных камней началось формирование музейных фондов, поскольку самым первым поступившим в них предметом стали карманные серебряные часы швейцарского производства конца XIX в., принадлежавшие семье купцов Горошковых.

Сегодня фонды музея содержат более ста предметов, состоящих из драгоценных металлов и камней. Наиболее примечательны среди них изделия декоративно-прикладного искусства, например серебряный кинжал в ножнах, а также предметы быта – портсигар, сигаретница, солонка, наперсток, ложки - и, конечно же, авторские ювелирные украшения.

Половину коллекции – около 60 единиц хранения - составляют работы замечательного ярославского ювелира, художника и эмальера Н. А. Нужина. Это колье, серьги и, конечно же, броши – излюбленная форма, используемая Н. А. Нужиным для воплощения своих творческих замыслов. К наиболее ярким и уникальным находкам Николая Александровича, безусловно, относятся работы с перламутром – традиционным ювелирным материалом, который совершенно по-новому прозвучал в творчестве ярославского мастера. В собрании музея присутствуют не только уникальные изделия из перламутра, выполненные в технике инкрустации, мозаики и пропиловки, но и заготовки, фрагменты незаконченных произведений, авторские эскизы работ и различные инструменты, принадлежавшие Н. А. Нужину. Произведения Н. А. Нужина хранятся в коллекциях ведущих музеев страны, его творческое наследие – часть золотого фонда российского искусства 1980-1990-х годов.

Имеются в собрании музея и работы других современных ювелиров, чьи имена известны в Ярославле – Елизаветы Малафеевской, Наталии Сальниковой.

В коллекцию включены и предметы нумизматики, в числе которых серебряные немецкие монеты XIX-XX вв., редкие значки и медали, например, значок оркестра народных инструментов имени Е.М. Стомпелева 1930-х гг. и юбилейный жетон 1913 г., принадлежавший В.И. Борисову, агенту Союза драматургов, музыкантов и писателей, а также государственные награды: Ордена Великой Отечественной войны I и II степени, Трудового Красного знамени, Красной звезды, Октябрьской революции, Орден Ленина.

В числе наиболее необычных поступленний - Почетный знак (крест и цепь) и Звезда им. Никиты Демидова, переданные в Музей как дар к тысячелетию города прямой наследницей рода Демидовых, ответственным секретарем Демидовского фонда Ниной Григорьевной Демидовой.

Музей обладает совсем небольшим, но очень разнообразным собранием оружия, как холодного, так и огнестрельного. В коллекции имеются разорвавшиеся снаряды времен ярославского антисоветского мятежа 1918 г. и Великой Отечественной войны, дореволюционная винтовка системы Мосина и патроны к ней, замки ружейные последней трети ХIХ в. и автомат ППШ 1943 г., ствол французского ружья и револьвер «Лефоше» второй половины ХIХ в., офицерская шпага 1812 г. и охотничий нож начала 1970-х гг. Включены в коллекцию оружия и новоделы, изготовленные специально для размещения на исторической экспозиции, - кольчуга русского воина, шлем-мисюрка и сабля. Одним из наиболее интересных экспонатов является резное деревянное копье со съемными металлическими наконечниками, изготовленное представителями африканского племени масаи и подаренное ими группе ярославцев-альпинистов, совершавших в марте 2007 г. восхождение на гору Килиманджаро, находящуюся в Восточной Африке, в Танзании. Восхождение было посвящено предстоящему 1000-летию Ярославля